2016 bildades Stadsmuseets forskningsråd. Rådet har i uppdrag att kvalitetssäkra ansökningar om medel till forskningsprojekt som utgår från Stadsmuseet, samt att granska och bedöma till Stockholmia inkomna forskningsansökningar. Forskningsrådet är också en resurs vid arrangerandet av forskningskonferenser och mer omfattande seminarier.

Forskningsrådet är sammansatt av Stockholmias chef, två permanenta ledamöter ur Stadsmuseets ledningsgrupp samt tre adjungerade för sammanhanget lämpliga ledamöter ur Stockholmias redaktionsråd, Stockholms stadsarkiv och/eller Stockholms universitet. Vid behov adjungeras ytterligare ledamöter. Sammankallande för forskningsrådet är Stockholmias chef.